疾管署八月二十五日公布一一五年秋冬公費疫苗計畫。流感疫苗採購七百零五萬一百五十劑，是歷年第一次超過七百萬劑，其中二十萬七百九十劑是亞洲首度導入的「免疫加強型」，抗原量四倍或加佐劑，防重症保護力比標準型高百分之二十五到三十，優先給住在長照與安養機構的六十五歲以上長輩。六十五歲以上、學齡前幼兒、慢性病人等十月一日開打，五十到六十四歲無慢性病成人十一月二日第二階段。
疾管署發出致醫界通函第六一三號，自八月二十四日至九月三十日擴大公費流感抗病毒藥劑（克流感、易剋冒）的使用對象。原本只有高風險族群才能用，這段期間多了醫療與照護機構人員、機構住民、托育人員、幼兒園到高中職學生、免疫低下病人的同住家人或照顧者、禽畜相關從業人員，以及軍營等群聚機構人員。醫師依臨床判斷即可開立，不需要先做流感快篩。全台約四千家合約院所有藥。
衛福部九月十日公布長照 3.0 中重度照顧支持升級方案。住宿式機構住民只要長照評估第四級以上、或持有中重度身心障礙證明，每月補助增加五千元、達到一萬五千元，一年最高十八萬，比原本的十二萬多了六萬。更關鍵的是認定方式改了：從原本要一年累計住滿一百八十天，改成「當月入住達當月日數一半以上就算一個月」。自一一五年一月一日生效。
健保署九月八日在台南舉辦「APEC 運用 AI 強化健康照護韌性與包容性研討會」，九個 APEC 經濟體與逾百位國內外專業人士參加。健保署陳亮妤署長指出全球共同面對「人口高齡化、慢性疾病盛行，及醫療服務需求增加等挑戰」。台灣展示的 AI 應用包括糖尿病與心血管疾病的風險預測、病人分層與個案管理。
疾管署公布新北市板橋一家診所發生急性 C 型肝炎群聚，共十一名確診（男七女四，四十到七十歲），十一人中有九人的病毒基因序列相似度高達 99.7% 到 100%。稽查查出九項重大感控缺失，包括針頭插在藥瓶上重複抽藥、預先抽好的針筒塞在病床底下、只用 75% 酒精而沒有漂白水。診所被罰三十萬元並勒令停業。
疾管署九月九日公布：截至九月七日，今年累計三十例 M 痘確診，本土二十例、境外移入十例。境外移入是去年同期（五例）的兩倍，其中六例來自泰國。全部個案都是二十到五十歲男性。疾管署同時指出，近八成確診者未接種疫苗，完整兩劑保護力約九成，但全國仍有約三萬一千八百七十五人（29%）第二劑沒打。
疾管署九月八日宣布國內流感已經進入流行期。第 35 週類流感門急診 115,136 人次，急診類流感就診比例 11.2% 越過 11.0% 的流行閾值；九月一日到七日一週內新增 105 例流感重症、19 人死亡。重症有 65.1% 是 65 歲以上，82.8% 有慢性病，68.6% 這一季沒打流感疫苗。
疾管署九月八日提醒，第 35 週腸病毒門急診 8,475 人次，比前一週的 7,199 人次上升 17.7%。社區流行以克沙奇 A6 型為主，其次是腸病毒 D68 型與克沙奇 A16 型。今年累計 7 例重症、1 例死亡，五歲以下是重症高危險群。
衛福部九月八日公布，台灣啟動「國家級防疫一體抗生素抗藥性管理行動計畫外部評核」，九月八日到十一日進行四天，涵蓋跨部門合作、人類健康、動物健康、食品安全、農業與環境。由五位國際專家評核，衛福部、農業部門與環保部門三方共同參與，台大醫院抗藥性防治中心也加入。
疾管署因應南部強降雨發出致醫界通函第 614 號並同步提醒民眾：積淹水過後鉤端螺旋體病與類鼻疽風險上升。鉤端螺旋體病潛伏期平均 5 至 14 天、最長可達 30 天；類鼻疽平均 9 天、最長 21 天，症狀從發燒到敗血性休克都有，糖尿病等慢性病患者是高風險族群。
疾管署公布國內首次確認 2 例 Clade Ib 型 M 痘本土個案，皆為 30 多歲男性、發病前未接種疫苗。Ib 型全身性皮疹分布較廣、較易在家戶內傳播；國內已有 110,971 人至少打一劑，但仍有 31,755 人（29%）尚未完成第二劑，完成兩劑保護力約九成。
響應 9 月 4 日世界性健康日，疾管署自 9 月 4 日至 9 月 18 日推出愛滋自我篩檢買一送一，網路訂購超商取貨、試劑加物流費共 245 元可得兩組，登錄結果還再送一張免費兌換券。今年截至 7 月底新增 537 人確診，比去年同期上升 5%，其中 20% 是 45 歲以上，全國仍約有兩千多位感染者尚未被診斷出來。
疾管署自 115 年 1 月 15 日起，成人公費肺炎鏈球菌疫苗改為單劑 PCV20，取代原本 PCV13 加 PPV23 的兩劑組合；8 月 10 日起再增加 PCV21 可選，兩者無優劣之分。65 歲以上長者、55 至 64 歲原住民、19 至 64 歲高風險者都是公費對象。
衛福部說明，菸害防制法修正草案將「持有」電子煙納入處罰，罰鍰三萬到十萬元。修法還沒完成前，國健署自 9 月 8 日起在各縣市衛生局所設 431 處回收點，民眾可匿名投遞。
衛福部與誠品書店合作，9 月 1 日至 30 日在全台 11 家門市舉辦失智主題書展，主題訂為「早一點認識，就多一些選擇」，並在北中南東辦四場醫師講座。